El genoma de la cabra completo

Les querìa dejar la noticia pulblicada en Science Daily el 23 de diciembre de 2012:

El genoma completo de la cabra se ha determinado y la metodología ayudará al ensamble de grandes genomas de otras especies.

Las cabras son reconocidos como un miembro importante de la industria ganadera mundial y con muchas características biológicas únicas. Son un recurso económico importante en muchos países en desarrollo de todo el mundo, especialmente en China e India. Sin embargo, a pesar de su importancia biológica y agrícola, los estudios de cría y genética de las cabras se han visto obstaculizados por la falta de una secuencia del genoma de referencia de alta calidad. La secuencia del genoma de cabra será útil para facilitar la identificación de marcadores SNP (Single nucleotide polymorphism o polimorfismo de un solo nucleótido)  para reproducción asistida por marcadores, y la mejora de la utilidad de la cabra como un modelo biomédico.

Fuente: http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121223152629.htm

Genoma de la cabra completo

 

Con la disponibilidad de secuenciadores de próxima generación (NGS), los conjuntos de proyectos son fáciles de generar hoy en día. Sin embargo, determina la secuencia completa a nivel del cromosoma sigue siendo un hueso duro de roer. En este estudio, los resultados muestran que una plataforma NGS solo, cuando se combina con la tecnología de mapas de todo el genoma, podría producir un conjunto acabado mucho más rápido y con alta calidad de otras estrategias de mapeo disponibles en la actualidad, tales como BACs o FISH. A través de este enfoque integrado, los investigadores obtuvieron la cabra ~ 2.66 Gb referencia del genoma de una hembra de cabra Yunnan negro.

Para seguir leyendo les dejo la fuente: http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121223152629.htm

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Develan el ‘árbol genealógico’ de una superbacteria hospitalaria por José Manuel Perez

En este caso les acerco un artículo publicado en el Blog Massive Database of Knowledge and Technology EK790M™ de Jose Manuel Perez que me pareció más que interesante de leer ya que es una de las aplicaciones de la biología molecular a través de la secuenciación. Comparando secuencias de ADN de las bacterias se pueden rastrear sus orígenes y/o  ver de donde provienen. Aquí en Argentina se usa para muchas bacterias y virus como el virus aftosa para controlar posibles brotes epidémicos. Espero les parezca tan interesante como a mí.

Saludos y los dejo con el artículo.

MADRID, 22 Ene. (EUROPA PRESS) – Investigadores del Instituto Wellcome Trust Sanger en Cambridge (Reino Unido) han utilizado nuevas técnicas de secuenciación del genoma y han seguido a la bacteria resistente a los fármacos ‘Staphylococcus aureus’ conocida como SARM en su expansión por todo el mundo en las pasadas cuatro décadas. Los resultados de su investigación se publican en la revista ‘Science’.foto

La investigación y el método utilizado podría ayudar a los investigadores a seguir las rutas por las que el SARM se transmite entre países, de un centro sanitario a otro y entre los individuos en una misma localización como un pabellón hospitalario.

El trabajo podría también ser útil para determinar dónde se necesita modificar o fortalecer las estrategias de control de la infección necesarias para reducir el número de infecciones de SARM que se producen y para mejorar las estrategias de vigilancia para detectar nuevas variedades emergentes y controlar su expansión.

La mayoría de infecciones de SARM se producen en instalaciones clínicas como hospitales o residencias de ancianos y pueden ser fatales. Los métodos actuales para comparar los tipos de SARM de los pacientes no proporcionan suficiente información para definir las relaciones evolutivas precisas entre dichas variedades.

Los científicos, dirigidos por Simon Harris, utilizaron un nuevo método de analiza puntos en los genomas de muchas variedades distintas de SARM donde las secuencias variaban sólo por unas pocas letras del ADN o incluso en variaciones de una única letra.

Los investigadores utilizaron este método sobre 63 muestras de SARM que pertenecían al linaje “ST239″, que es resistente a los antibióticos y constituye una gran parte del SARM asociado a los hospitales del mundo. Alrededor de dos terceras partes procede de recopilaciones globales reunidas entre 1982 y 2003, proporcionando así una panorámica de la población global de ST239, y una tercera parte procede de pacientes de un único hospital en Tailandia en un periodo de siete meses.

Al analizar la cantidad de variación genética entre las muestras, los investigadores crearon un ‘árbol genealógico’ que muestra cómo el clon ST239 se ha expandido a diferentes regiones del mundo, dando lugar a subgrupos de variedades genéticamente similares en varios países en los que siguieron evolucionando.

Los resultados muestran, por ejemplo, que un brote de infecciones de SARM que se produjeron en una unidad de cuidados intensivos en un hospital de Londres se asoció con la llegada de una variedad bacteriana que era muy probable que hubiera sido introducida desde el sudeste asiático. Todo lo que tiene que ocurrir para que suceda esto es que un individuo porte la variedad de un lugar a otro donde se transmite a otros individuos y que algunos de ellos se infecten.

El estudio también muestra cómo un única variedad de SARM que infectó a pacientes en un hospital tailandés adquirió nuevas mutaciones con el paso del tiempo y que podría distinguirse entre dos pacientes del mismo pabellón que hubieran adquirido el SARM de una transmisión directa de la variedad de una persona a otra o si estas variedades se adquirieron de otras partes del hospital. Esto ayudaría a determinar de forma exacta dónde no han sido suficientes las estrategias de control para prevenir la transmisión.

Fuente: EuropaPress. Desvelan el ‘árbol genealógico’ de una superbacteria hospitalaria

Un proyecto de investigación secuenciará el ADN de 10.000 especies para estudiar su evolución

Gracias a Manuel Carmona como siempre por artículos interesantes. Aqui les paso su artículo.

Rosa M. Tristán- El Mundo

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Descifrar y comparar el genoma de 10.000 vertebrados, uno por cada género conocido, para poder entender cómo ha sido su evolución a lo largo de los últimos 600 millones de años. Este es el ambicioso objetivo del consorcio científico internacional que acaba de crearse, conocido como Genome 10K Project, que ya aglutina a 68 investigadores de todo el mundo.

El proyecto, que se presenta en la revista online Journal of Heredity, trata de ordenar y preservar el ADN de mamíferos, pájaros, reptiles, anfibios y peces para, como ha señalado su promotor, el ingeniero biomolecular David Haussler, de la Universidad de California, “comprender cuestiones tan misteriosas como las de la evolución y el origen de la trompa del elefante o de las manchas en la piel del leopardo”.

Fuente:

El ‘zoo’ genético de los animales vertebrados