Genotipos y susceptibilidad al scrapie (tembladera) en ovejas. Ejercitación resuelta

El scrapie es una enfermedad neurodegenerativa, causada por un prión que afecta a ovejas y ocasionalmente a cabras. En los ovinos, el genotipo del animal influye completamente en la incidencia de la enfermedad. Las ovejas genéticamente susceptibles resultan infectadas pero no desarrollan la enfermedad durante varios años. Los priones son proteínas infecciosas que aparentemente se reproducen al convertir una proteína celular normal en copias del prión. La proteína celular, llamada PrPc, se encuentra en la superficie de las neuronas.

En los ovinos, la transmisión y el desarrollo de la enfermedad clínica dependen del genotipo del hospedador. La susceptibilidad o la resistencia a la forma clásica de scrapie están relacionadas con los polimorfismos en el gen PrP en los codones 136, 154 y 171. Estos tres codones se encuentran en una parte de la proteína que puede sufrir cambios estructurales durante la conversión de PrPc a PrPSc, la forma aberrante e infectiva. En el codón 136, la alanina (A) está vinculada con la resistencia al scrapie y la valina (V) está asociada con la susceptibilidad. En el codón 154, la histidina (H) está vinculada con la resistencia y la arginina (R) está asociada con la susceptibilidad. En el codón 171, la arginina (R) está vinculada con la resistencia, mientras que la glutamina (Q) y histidina (H) están asociadas con la susceptibilidad. Aunque otras combinaciones son posibles desde un punto de vista teórico, sólo cinco alelos PrP son frecuentes en ovejas: A136R154R171 (abreviado ARR), ARQ, AHQ, ARH y VRQ.

En base al texto anterior, conteste las siguientes preguntas

  1. Diseñe una técnica que permite identificar los alelos presentes en su rebaño.
  2. Qué genotipos de ovejas seleccionaría en su rebaño para tener una mayor seguridad de que son resistentes o tienen baja susceptibilidad de desarrollar scrapie? Cuáles serían los fenotipos intermedios y los más susceptibles a scrapie.
  3. Si sospecha que en su establecimiento hay portadores de los alelos susceptibles, cómo procedería para identificarlos? ¿Qué decisión tomaría respecto de los mismos?

Fuente:

  • The Center for Food Security and Public Health. Iowa State University (2007). Scrapie. Enfermedad del temblequeo o mordisqueo.

ACTIVIDAD RESUELTA

 1. Diseñe una técnica que permite identificar los alelos presentes en su rebaño.

Para la identificación de alelos, nos podemos valer de la técnica denominada RFLP (del inglés Restriction Fragment Length Polymorphism) o polimorfismos en la longitud de los fragmentos de restricción. El primer paso consiste en diseñar primers que apareen a regiones conservadas del gen que codifica para la proteína PrP, y luego analizar la secuencia, para determinar que enzimas de restricción me permitirían discriminar por medio de distintos puntos de corte en las variantes alélicas de los codones 136, 154 y 171 que puedan visualizarse en un gel de agarosa.

2. ¿Qué genotipos de ovejas seleccionaría en su rebaño para tener una mayor seguridad de que son resistentes o tienen baja susceptibilidad de desarrollar scrapie? ¿Cuáles serían los fenotipos intermedios y los más susceptibles a scrapie.

La susceptibilidad o la resistencia a la forma clásica de scrapie están relacionadas con los polimorfismos en el gen PrP en los codones 136, 154 y 171. En el codón 136, la alanina (A) está vinculada con la resistencia al scrapie y la valina (V) está asociada con la susceptibilidad. En el codón 154, la histidina (H) está vinculada con la resistencia y la arginina (R) está asociada con la susceptibilidad. En el codón 171, la arginina (R) está vinculada con la resistencia, mientras que la glutamina (Q) y histidina (H) están asociadas con la susceptibilidad.

Para facilitar el análisis del nivel de susceptibilidad o resistencia del alelo es más simple organizar una tabla con los diferentes cambios en los codones 136, 154 y 171  que da lugar a la sustitución con distintos aminoácidos:

Tabla codones scrapie

A simple vista, el alelo que tenga en los codones 136, 154 y 171 los aminoácidos A, H y R, respectivamente, sería el que  conferiría un mayor nivel de resistencia. Mientras que por el contrario, el más susceptible sería el que tenga en esas mismas posiciones, los aminoácidos V, R y Q/H.

Si bien lo anterior es un modelo teórico, en el cual todas las combinaciones serían posibles, sólo cinco alelos PrP son frecuentes en ovejas: A136R154R171 (abreviado ARR), ARQ, AHQ, ARH y VRQ.

Por lo que en mi rebaño seleccionaría las ovejas que posean los alelos: ARR, AHQ y/o ARH, los cuales combinan para dos de las tres posiciones en los codones, 2 aminoácidos que otorgan mayor resistencia.

En cambio, un fenotipo intermedio sería el que posea el alelo  ARQ, y el más susceptible al scrapie, el alelo VRQ ó VRH.

3. ¿Si sospecha que en su establecimiento hay portadores de los alelos susceptibles, cómo procedería para identificarlos? ¿Qué decisión tomaría respecto de los mismos?

La identificación se puede realizar mediante la toma de muestra para hacer una extracción de ADN, y genotipificar mediante RFLP (tal como se explicó en el punto 1).

Aquellos animales con susceptibilidad aumentada, deben mantenerse apartados del resto del rebaño, y realizarles un seguimiento para evaluar sintomatologías típicas de scrapie. Evitar usar hembras de reemplazo con este genotipo para evitar la prolifereación en el rebaño de alelos susceptibles. Asimismo, el macho a usar debería tener al menos uno de los genotipos de mayor resistencia.

El riesgo de ingreso de scrapie puede reducirse si se mantiene un rebaño cerrado o si se limita al mínimo la compra de animales fuera del territorio. Si deben incorporarse animales de reemplazo, éstos deben proceder exclusivamente de rebaños que dieron negativo para esta enfermedad. El empleo de genotipos resistentes al scrapie también disminuye el riesgo de contagio de la forma clásica de scrapie, aunque pueden ocurrir formas atípicas en estos animales, incluso en aquellos con genotipos ARR/ARR sumamente resistentes.

El genoma de la cabra completo

Les querìa dejar la noticia pulblicada en Science Daily el 23 de diciembre de 2012:

El genoma completo de la cabra se ha determinado y la metodología ayudará al ensamble de grandes genomas de otras especies.

Las cabras son reconocidos como un miembro importante de la industria ganadera mundial y con muchas características biológicas únicas. Son un recurso económico importante en muchos países en desarrollo de todo el mundo, especialmente en China e India. Sin embargo, a pesar de su importancia biológica y agrícola, los estudios de cría y genética de las cabras se han visto obstaculizados por la falta de una secuencia del genoma de referencia de alta calidad. La secuencia del genoma de cabra será útil para facilitar la identificación de marcadores SNP (Single nucleotide polymorphism o polimorfismo de un solo nucleótido)  para reproducción asistida por marcadores, y la mejora de la utilidad de la cabra como un modelo biomédico.

Con la disponibilidad de secuenciadores de próxima generación (NGS), los conjuntos de proyectos son fáciles de generar hoy en día. Sin embargo, determina la secuencia completa a nivel del cromosoma sigue siendo un hueso duro de roer. En este estudio, los resultados muestran que una plataforma NGS solo, cuando se combina con la tecnología de mapas de todo el genoma, podría producir un conjunto acabado mucho más rápido y con alta calidad de otras estrategias de mapeo disponibles en la actualidad, tales como BACs o FISH. A través de este enfoque integrado, los investigadores obtuvieron la cabra ~ 2.66 Gb referencia del genoma de una hembra de cabra Yunnan negro.

Para seguir leyendo les dejo la fuente: